Черт подери! Пишу это только от того, что сам е**лся с этой проблемой 4 часа. Суть: во время анимации прозрачности gif изображения в эксплорере, фон самого изображения моргает черным цветом - барахлит альфаканал.
Решение: чтобы этого не происходило, у родительского элемента НЕ ДОЛЖНО БЫТЬ прозрачности, то есть параметр filter должен быть к чертям стерт.
С этой проблемой я столкнулся, разрабатывая анимацию для iLoad (теперь Loadi - не пропадать же домену). Надеюсь данная темка поможет скриптерам с похожей проблемой. Так как в инете никаких решений не нашел.